在污水處理系統中采用自動控制系統，不僅減輕了操作人員的勞動強度，而且對整個污水處理系統的管理狀況和操作環境都有極大的促進作用。然而，由于廢水處理環境的復雜性和污水處理的特殊性，在污水處理工程實踐中應用自控系統，出現了一些常見問題。

1、制度管理

目前我國工業廢水處理中存在著監強控弱、只監督無控制的現象。因此，造成許多控制信息得不到有效的利用，影響到整個工業廢水處理質量。對此，在制度控制方面，要將監督和控制有機結合起來，做到信息及時收集，合理利用信息。

2、手動和自動化控制

因為污水處理工藝的特殊性，需要經過長期的生化處理，以及復雜的處理環節才能完成。同時，由于控制軟件的作用參數較多、在線穩定性較差，使得實現自動化的難度加大。由于水生物化學處理時間長，反應過程緩慢，自動化控制技術的研究和開發和實踐是一項長期的工程，因此，加強廢水處理的監測工作非常有必要。

3、對廢水的質量進行監控

污水質量控制和檢測存在著滯后現象。為更好地控制污水處理系統，必須有效地合理使用自控儀器，完善自動控制技術，優化控制技術。

4、員工培訓

廣泛的專業領域和廣闊的領域是自動控制系統的主要特點。包括計算機控制知識、在線儀器檢測知識、電器控制知識等多個方面的知識需要員工能夠很好的理解和掌握。因為現階段許多現場檢測設備產品都是通過進口的，要有一定的了解，熟悉產品，需要較高的英語水平。由于許多員工沒有經過專業訓練，在不了解產品操作知識的前提下盲目操作，導致了一系列問題。為此，應對員工進行專業培訓、實戰演練等有效措施來解決此類問題。