含磷廢水中的除磷通常有物理化學脫磷、生物除磷處理工藝和吸附法，以及物理化學除磷和生物除磷處理聯合使用，具體如下。

1、物理化學脫磷

（1）化學沉淀法

化學沉淀法除磷主要指應用鈣鹽，鐵鹽和鋁鹽等產生的金屬離子與磷酸根生成難溶磷酸鹽沉淀物的方法來去除廢水中的磷。最常用的是石灰、硫酸鋁、鋁酸鈉、三氯化鐵、硫酸鐵、硫酸亞鐵和氯化亞鐵。

（2）化學絮凝法

化學混凝法除磷是將可溶性磷轉化為懸浮性磷，并將其滯留。水中的磷大部分是溶解狀的無機化合磷，主要是洗滌劑的正磷酸鹽和稠環磷酸鹽，其余小部分是以溶解和非溶解狀態存在的有機化合磷。

該法脫磷特點：該法磷的去除率在75%左右，處理效果穩定，系統操作易于自動化。但由于人為投加了化學藥劑,一方面產生大量的污泥難于處理，另一方面又造成水處理費用的增高。

（3）結晶法

結晶法除磷是利用污水中磷酸根離子與鈣離子以及氫氧根離子反應生成羥基磷灰石(Hydroxyapatite)的晶析現象。在作為晶核的除磷劑上析出羥基磷灰石，從而達到除磷的目的。因此，作為晶核的除磷劑絕大多數都是含鈣的礦物質材料,如磷礦石、骨炭、高爐鐵渣等，但以磷礦石和動物骨灰效果為最好，也可使用多孔材料為載體，利用非均相及二次成核作用在載體表面培養一層羥基磷灰石晶體，作為后續除磷的初級晶種。

該法脫磷特點：采用結晶法除磷時，磷在晶核表面析出，因此僅僅是晶核變大，處理過程中產生的污泥量比化學沉淀法少得多，且析出的羥基磷灰石可用于磷的回收。該法投資省，出水水質好， 在常規活性污泥法的改造中具有普遍的適用性，是一種可靠的含磷廢水的深度處理方法。但結晶法要求進水呈堿性(pH>8)，且需一定的鈣離子濃度。